Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3B4

NUP54, Nucleoporin p54, humanhuman

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP54Q7Z3B4 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 WSCD1-210ENST00000574946 5884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
NUP54Q7Z3B4 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms