Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 COL11A2-203ENST00000374708 6209 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 EXT1-201ENST00000378204 8270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 CLASP2-203ENST00000359576 7141 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 KDM2B-201ENST00000377069 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 MBOAT2-201ENST00000305997 7751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 C4A-259ENST00000498271 5269 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 C12orf49-201ENST00000261318 8404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 PPP1R26-204ENST00000604351 4640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 NCOR2-203ENST00000404621 8520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 CCP110-201ENST00000381396 5446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC13.84□□□□□ -0.19
PDLIM3Q53GG5 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC13.84□□□□□ -0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.9 ms