Protein–RNA interactions for Protein: O60260

PRKN, E3 ubiquitin-protein ligase parkin, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 465 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRKNO60260 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
PRKNO60260 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
PRKNO60260 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
PRKNO60260 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms