Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms