Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CROCCP4-201ENST00000457096 498 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 DSCR3-202ENST00000398998 988 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ROPN1-207ENST00000484329 566 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RHOC-206ENST00000369637 888 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MIR6775-201ENST00000617557 69 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms