Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC18.75■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
RPUSD4Q96CM3 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC18.7■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC18.66■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 140.8 ms