Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH2P43246 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH2P43246 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH2P43246 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH2P43246 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH2P43246 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH2P43246 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH2P43246 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH2P43246 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH2P43246 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH2P43246 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH2P43246 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH2P43246 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH2P43246 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH2P43246 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH2P43246 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH2P43246 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH2P43246 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH2P43246 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH2P43246 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH2P43246 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH2P43246 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH2P43246 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH2P43246 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH2P43246 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH2P43246 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH2P43246 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH2P43246 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH2P43246 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH2P43246 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSH2P43246 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSH2P43246 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSH2P43246 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSH2P43246 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
MSH2P43246 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSH2P43246 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSH2P43246 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSH2P43246 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSH2P43246 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSH2P43246 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSH2P43246 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSH2P43246 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSH2P43246 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSH2P43246 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSH2P43246 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSH2P43246 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSH2P43246 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSH2P43246 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSH2P43246 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSH2P43246 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSH2P43246 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH2P43246 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH2P43246 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH2P43246 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH2P43246 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH2P43246 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
MSH2P43246 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH2P43246 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH2P43246 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH2P43246 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH2P43246 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH2P43246 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH2P43246 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH2P43246 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH2P43246 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH2P43246 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH2P43246 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH2P43246 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH2P43246 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH2P43246 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH2P43246 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH2P43246 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH2P43246 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH2P43246 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH2P43246 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH2P43246 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH2P43246 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH2P43246 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSH2P43246 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSH2P43246 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSH2P43246 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSH2P43246 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSH2P43246 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSH2P43246 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSH2P43246 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSH2P43246 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms