Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VIMP08670 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VIMP08670 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VIMP08670 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VIMP08670 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VIMP08670 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VIMP08670 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VIMP08670 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VIMP08670 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VIMP08670 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VIMP08670 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VIMP08670 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VIMP08670 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VIMP08670 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VIMP08670 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VIMP08670 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VIMP08670 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VIMP08670 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VIMP08670 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
VIMP08670 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
VIMP08670 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VIMP08670 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VIMP08670 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
VIMP08670 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VIMP08670 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VIMP08670 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VIMP08670 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VIMP08670 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VIMP08670 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
VIMP08670 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VIMP08670 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VIMP08670 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VIMP08670 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VIMP08670 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VIMP08670 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VIMP08670 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VIMP08670 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VIMP08670 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VIMP08670 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VIMP08670 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VIMP08670 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VIMP08670 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VIMP08670 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VIMP08670 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VIMP08670 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VIMP08670 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
VIMP08670 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VIMP08670 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VIMP08670 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VIMP08670 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.39
VIMP08670 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VIMP08670 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VIMP08670 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VIMP08670 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VIMP08670 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VIMP08670 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VIMP08670 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VIMP08670 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VIMP08670 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VIMP08670 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VIMP08670 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VIMP08670 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VIMP08670 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VIMP08670 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VIMP08670 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VIMP08670 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VIMP08670 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VIMP08670 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VIMP08670 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VIMP08670 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VIMP08670 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VIMP08670 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VIMP08670 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VIMP08670 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms