Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms