Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX1P28360 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms