Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 DAB2IP-205ENST00000408936 6784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms