Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC073130.2-202ENST00000444244 842 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 RPS2P32-201ENST00000439199 892 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AL033527.4-201ENST00000641026 673 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms