Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH5O43196 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH5O43196 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 DPPA2P1-201ENST00000428060 556 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AL645638.1-201ENST00000440519 361 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MTND4P30-201ENST00000450281 899 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC010226.1-203ENST00000515570 765 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 LINC01609-202ENST00000522778 566 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 OR13Z2P-201ENST00000606338 555 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC018645.2-201ENST00000609151 472 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AL158163.2-201ENST00000619110 700 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH5O43196 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 NLGN1-AS1-201ENST00000423873 815 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AK3P5-201ENST00000432033 519 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC100801.1-201ENST00000517368 517 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 REXO2-218ENST00000544827 880 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC073167.1-201ENST00000559303 580 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SDCBP2-AS1-202ENST00000607947 808 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms