Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC21.02■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms