Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
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HOXD3P31249 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
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HOXD3P31249 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
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HOXD3P31249 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC13.02□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC13.02□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
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HOXD3P31249 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC13.02□□□□□ -0.33
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HOXD3P31249 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
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HOXD3P31249 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
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HOXD3P31249 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
HOXD3P31249 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
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