Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
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