Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms