Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms