Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 SYNE2-228ENST00000639659 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 SLC18A1-203ENST00000381608 1419 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2AD-201ENST00000341023 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms