Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
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SCN9AQ15858 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CHRNA5-203ENST00000559554 1051 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
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SCN9AQ15858 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SCN9AQ15858 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
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