Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms