Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SHHQ15465 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
SHHQ15465 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SHHQ15465 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SHHQ15465 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SHHQ15465 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SHHQ15465 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
SHHQ15465 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SHHQ15465 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
SHHQ15465 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SHHQ15465 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SHHQ15465 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SHHQ15465 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SHHQ15465 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SHHQ15465 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SHHQ15465 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SHHQ15465 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SHHQ15465 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SHHQ15465 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SHHQ15465 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SHHQ15465 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SHHQ15465 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SHHQ15465 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SHHQ15465 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SHHQ15465 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SHHQ15465 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SHHQ15465 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SHHQ15465 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SHHQ15465 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
SHHQ15465 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SHHQ15465 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SHHQ15465 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SHHQ15465 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SHHQ15465 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SHHQ15465 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SHHQ15465 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SHHQ15465 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SHHQ15465 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
SHHQ15465 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
SHHQ15465 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SHHQ15465 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SHHQ15465 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SHHQ15465 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SHHQ15465 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SHHQ15465 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
SHHQ15465 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
SHHQ15465 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SHHQ15465 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SHHQ15465 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SHHQ15465 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SHHQ15465 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SHHQ15465 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SHHQ15465 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
SHHQ15465 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
SHHQ15465 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SHHQ15465 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHHQ15465 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHHQ15465 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHHQ15465 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHHQ15465 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
SHHQ15465 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
SHHQ15465 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHHQ15465 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHHQ15465 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHHQ15465 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHHQ15465 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHHQ15465 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHHQ15465 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHHQ15465 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHHQ15465 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHHQ15465 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHHQ15465 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHHQ15465 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHHQ15465 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHHQ15465 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHHQ15465 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHHQ15465 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHHQ15465 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHHQ15465 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHHQ15465 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHHQ15465 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHHQ15465 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHHQ15465 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHHQ15465 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHHQ15465 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHHQ15465 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHHQ15465 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHHQ15465 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHHQ15465 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHHQ15465 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHHQ15465 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHHQ15465 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHHQ15465 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHHQ15465 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
SHHQ15465 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHHQ15465 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
SHHQ15465 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHHQ15465 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHHQ15465 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHHQ15465 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
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