Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms