Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AL136379.1-201ENST00000623471 2642 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PAX6-203ENST00000379109 3182 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms