Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TRIM28Q13263 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
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