Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE3Q6ZMZ3 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms