Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
SDC1P18827 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SDC1P18827 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms