Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82 ms