Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP54Q70EL1 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms