Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CUX1P39880 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CUX1P39880 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CUX1P39880 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
CUX1P39880 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms