Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 SLCO5A1-201ENST00000260126 9076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
SKA3Q8IX90 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.6 ms