Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC083973.1-206ENST00000518213 815 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 ZNF655-225ENST00000626122 705 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 HHEX-203ENST00000492654 808 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms