Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TCOF1Q13428 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
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