Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF540Q8NDQ6 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms