Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
VPS54Q9P1Q0 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms