Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms