Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 CHMP2B-205ENST00000494980 1175 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL6A1P12109 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms