Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP3Q9Y3E7 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms