Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 EPB41L3-202ENST00000342933 4270 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 CC2D1B-202ENST00000371586 5642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 RB1CC1-201ENST00000025008 6635 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC112Q8NEF3 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms