Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms