Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TCOF1Q13428 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC25.7■■□□□ 1.71
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