Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 U91328.1-201ENST00000437528 223 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 HILS1-202ENST00000545329 423 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 MRPL52-211ENST00000555536 451 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC9Q9Y3X0 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms