Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CUL3-202ENST00000344951 6592 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC126755.1-201ENST00000525846 6405 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 OSBPL10-201ENST00000396556 6600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 BNIP2-201ENST00000267859 6325 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 OPA1-208ENST00000392438 6340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AK4-202ENST00000395334 6998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.4 ms