Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LHX3Q9UBR4 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms