Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms