Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.96□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 LTBP2-201ENST00000261978 8567 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms