Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX1P28360 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX1P28360 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms