Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms