Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms