Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
USP53Q70EK8 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.7 ms